В 2199 году на Землю нападают инопланетные гамилусиане, оставляя поверхность планеты необитаемой из-за радиации. Люди вынуждены спрятаться под землю, но даже здесь им грозит опасность. Единственной надеждой становится космический линкор Ямато, который отправляется к другой дружественной расе за технологией Космореверса. Эта технология может вернуть Земле ее первозданный вид.
Когда Ямато заключает союз с союзниками и получает Космореверс на свой борт, все кажется благополучно. Но на пути линкора встречается таинственная группа инопланетян на границе Большого Магелланова Облака. Схватка с ними приводит к неожиданным и опасным последствиям для экипажа и самого корабля. Вроде бы все было готово к спасению Земли, но теперь предстоит преодолеть новые препятствия, чтобы достичь своей цели.
Попытки противостоять врагу приводят к тяжелым потерям и сложным решениям. Ямато и его команда сталкиваются с неведомым и неизвестным, что заставляет их вновь задуматься над своей миссией и ценой, которую им приходится платить за спасение своего мира. Каждый шаг приближает их к истине о враге и самом себе, открывая новые грани их силы и силы духа.