Ётаро Мисаки просыпается на берегу моря, не помня, как он туда попал. Он встречает Араси Муто, который предлагает помочь ему восстановить память. Однако, Ётаро скрывает от него темный секрет — он помнит смерть своего брата-близнеца. Постепенно вспоминая прошлое, он понимает, что причина смерти брата может быть связана с тем, что происходит в загадочном "Ресторане медуз". Араси становится для него как опекуном, так и проводником в этом запутанном мире, где медузы и люди живут по правилам, непонятным для обычного человека. Путешествие по их прошлому и настоящему приводит к шокирующим открытиям и разоблачениям, меняя их жизни навсегда. Для Ётаро каждое воспоминание становится как медузой, где каждое касание может причинить боль, но также открыть путь к истине.
